تعتبر المحافظة على سلالات المواشي أمرًا أساسيًا للحفاظ على التنوع الجيني المهم بدوره لزيادة قدرة الكائنات الحية على التكيفات البيئية وتوفير المقاومة للآفات المختلفة وتأثيرات المناخ وغيرها. تتمثل خطورة الأسلحة البيولوجية على التنوع الحيوي الحيواني في ثلاثة جوانب رئيسية:
خطر المرض المباشر على الأنواع البرية: تتمثل خطورة الأسلحة البيولوجية في أن بعض الأمراض المميتة في البشر أو الحيوانات الأليفة, قد تصيب الحيونات البرية دون ظهور علامات سريرية للإصابة بالأمراض. يتجلى الضرر المدمر لإنتشار الوباء على الأنواع البرية المهددة بالإنقراض في آثار إنتشار مرض Canine distemper, وهو مرض فيروسي يصيب الكلاب الأهلية والحيوانات البرية المنتمية الى نفس الفصيلة، كما وطور هذا المرض في مختبرات الأسلحة البيولوجية, فخلال العقد الماضي، أدى تفشي هذا الداء إلى فقدان الموائل وإنقراض عدد كبير من الأنواع البرية المعروفة في أمريكا الشمالية والقضاء على ما يقارب ثلث مجتمعات الأسود في تنزانيا, كما ويشكل هذا المرض تهديداً خطيراً على العدد القليل المتبقي من الفهود المهددة بالإنقراض.
خطر الكائنات الدخيلة: يقدم تاريخ مرض الطاعون البقري في أفريقيا نموذجاً للتنبؤ بالآثار المحتملة لإنتشار أمراض فتاكة على الأنواع البرية والماشية, ففي عام 1887, أدخل فيروس الطاعون البقري إلى أفريقيا بوساطة الماشية عن طريق الجيوش الإستعمارية الأوروبية, مما أدى إلى تفشي الطاعون البقري بين سلالات الأبقار المحلية والأنواع البرية في أقل من عقد من الزمان، مما أسفر عن مقتل ما يقدر بـ 90-95٪ من الماشية والجاموس الأفريقي في شرق أفريقيا في غضون 3 سنوات, وللسيطرة على الوباء دمرت قطعان الماشية والجاموس الإفريقي في معظم مناطق أفريقيا. وعلى الرغم من جهود مكافحة مرض الطاعون البقري المكثفة على مدى القرن الماضي، فإن المرض لا يزال حيوياً داخل شرق أفريقيا ويحدث تفشياً دورياً بين الماشية والحيوانات البرية في المنطقة.
القضاء على الأنواع الحيوانية والعوائل الوسيطة وناقلات المرض: قد تتعرض الأنواع المهددة بالإنقراض إلى الإتلاف في المناطق التي تعرضت لهجمات بيولوجية بهدف إستئصال المرض. فمثلاً, في الولايات المتحدة، أدت برامج مكافحة مرض البروسيلا في الماشية إلى إعدام حيوانات برية كالثيران الأمريكية, والأيل, والغزال الأبيض.
